Môže byť v systéme zároveň spustený antivirus (v mojom prípade Microsoft Security Essencial) a Malwarebytes?

môže

A nejaké komplexnejšie vysvetlenie ?

V podstate v prípade 2 antivirákov je to vždy vec risku. Môžu sa navzájom biť, a nemusia. Nedá sa všeobecne povedať či to je alebo nie je dobrý nápad. Trebalo by sa spýtať niekoho, kto túto kombináciu (už ne)používa.
Napríklad ja mám na PC ako antivirák Avast + Comodo ako pokročilejší firewall, zatiaľ som nemal žiadne problémy.

njn ale ty máš Avast a comodo FW to je niečo iné ako 2X AV
ja by som to neriskoval a dal preč MSE, v testoch teraz MSE pohorelo ako antivítus