Kde sa inštalujú? To tiež závisí od aplikácie, ide podľa druhu.
/bin # tu máš iba základné, binutils / coreutils
/usr/bin # najviac aplikácií
/usr/local/bin
/usr/sbin
~/bin
/opt/aplikacia
/opt/aplikacia/bin
...
spúšťať aplikácie môžeš cez menu, alebo cez shell / terminál. Keď spúšťaš cez shell máš výhodu, pretože môžeš vidieť detailné výpisy v prípade nejakej chyby. Taktiež niektoré aplikácie fungujú iba v shelli (tzv CLI aplikácia, CLI = Command Line Interface), ovládaš ich pomocou prepínačov, parametrov a podobne - veľa aplikácií pracuje v tomto prostredí a to je obrovská výhoda oproti windowsu - totiž aplikácie v shelli majú omnoho viac funkcií ako grafické nadstavby.