Nechapem tie tvoje spojenia verejne/neverejne. User bude mat pristup len k zaznamom kde sa nachadza jeho user_id a vsetko ostatne bude pre neho skryte.

A z hladiska vykonu to je tiez problem. MySQL nie je stavana na tisicky tabuliek pod jednym userom. Treba zmenit defaultne nastavenia a zvysit table_cache (a zvysovat ju pravidelne podla poctu tabuliek), ulimit aby mohla otvorit vacsie mnozstva suborov (kazda tabulka je subor) atd atd. Tych problemov je tolko, ze keby spravi 5 userov request na MySQL, tak to proste nerozchodi.