Presmerovanie výstupu z displeja do súboru - command line

Všetko ohľadom Linuxu...
Napísať odpoveď
mehmed
Darca
Darca
Používateľov profilový obrázok
Príspevky: 195
Registrovaný: 12 jan 2008, 14:50
Bydlisko: Perla (BB)
Kontaktovať používateľa:
Kontaktné informácie používateľa - mehmed

Presmerovanie výstupu z displeja do súboru - command line

Príspevok od používateľa mehmed »

Ahojte, chcem Vás poprosiť o pomoc s jedným problémom.

Programu dávam v termináli spracovávať súbory a výsledok posielať na STDOUT

Kód: Vybrať všetko

mehmed@supertrooper$ bwa aln ~/index ~/input.fq > vysledok.bwa
Program beží a zobrazuje na displeji priebeh a po ukončení aj štatistiky (CPU time, % spracovaných dát atď...)
Potrebujem, aby shell zobrazený priebeh uložil aj do file-u. Existuje na to nejaká funkcia?

Skúšal som spraviť pipe cez tee, ale display output to nezachytilo, len zduplikovalo STDOUT (vysledok.bwa)

Ďakujem!
Hore
LukasqoO
King
King
Príspevky: 1647
Registrovaný: 08 okt 2011, 19:54

Re: Presmerovanie výstupu z displeja do súboru - command lin

Príspevok od používateľa LukasqoO »

skus pomocou tail -f
Hore
mehmed
Darca
Darca
Používateľov profilový obrázok
Príspevky: 195
Registrovaný: 12 jan 2008, 14:50
Bydlisko: Perla (BB)
Kontaktovať používateľa:
Kontaktné informácie používateľa - mehmed

Re: Presmerovanie výstupu z displeja do súboru - command lin

Príspevok od používateľa mehmed »

Ahoj, tail -f asi nepomôže. Pre vysvetlenie situácie, mám program, ktorý spracuje súbor .fq na súbor .sam. Súbor .sam je na výstupe STDOUT.

Popri tom program zobrazuje aj ďalšie info o priebehu spracovávania dát. Zaujíma ma, či sa dá presmerovať tento výstup z monitora (označený šípkami) do nejakého súboru.

Program bwa bude súčasťou pipeline-u a chcem, aby som mal na jeho konci logy a info (ako CPU time) niekde pokope a nemusel to Ctrl+C a Ctrl+V z terminálu.

Kód: Vybrať všetko

mehmed@supertrooper:~$ bwa mem -M ~/bwa_index/index.fa ./file.fq > ./file.test.sam

-----> [M::main_mem] read 70476 sequences (10000032 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 70476 reads in 12.225 CPU sec, 12.217 real sec
[M::main_mem] read 63270 sequences (10000166 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 63270 reads in 9.157 CPU sec, 9.183 real sec
[M::main_mem] read 64952 sequences (10000175 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 64952 reads in 8.465 CPU sec, 8.482 real sec
[M::main_mem] read 65044 sequences (10000043 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 65044 reads in 8.557 CPU sec, 8.576 real sec
[M::main_mem] read 63628 sequences (10000116 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 63628 reads in 8.553 CPU sec, 8.571 real sec
[M::main_mem] read 68336 sequences (10000063 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 68336 reads in 10.005 CPU sec, 10.026 real sec
[M::main_mem] read 70942 sequences (10000094 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 70942 reads in 8.661 CPU sec, 8.676 real sec
[M::main_mem] read 44078 sequences (4902614 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 44078 reads in 4.660 CPU sec, 4.669 real sec
[main] Version: 0.7.7-r441
[main] CMD: bwa mem -M /bwa_index/file.fa ./file.fq
[main] Real time: 77.948 sec; CPU: 71.732 sec    <-----
Díky!! :)
Hore
masterdead
SysAdmin
SysAdmin
Používateľov profilový obrázok
Príspevky: 1809
Registrovaný: 03 aug 2005, 23:32
Bydlisko: Bratislava
Kontaktovať používateľa:
Kontaktné informácie používateľa - masterdead

Re: Presmerovanie výstupu z displeja do súboru - command lin

Príspevok od používateľa masterdead »

si skusal &> ?
Hore
mehmed
Darca
Darca
Používateľov profilový obrázok
Príspevky: 195
Registrovaný: 12 jan 2008, 14:50
Bydlisko: Perla (BB)
Kontaktovať používateľa:
Kontaktné informácie používateľa - mehmed

Re: Presmerovanie výstupu z displeja do súboru - command lin

Príspevok od používateľa mehmed »

masterdead napísal:si skusal &> ?
coool kámoško, presne toto som potreboval. Díky! :)
Hore
Napísať odpoveď

Návrat na "Linux"